Пока Никита пытается разобраться в своих отношениях с Майклом, Мэдлин убеждает Шефа вбить между ними "клин". Майкл понижается с 5 уровня до рядового оперативника; его даже лишают кабинета. Никита считает, что эта обработка негативно повлияет на Майкла, но он настаивает на обратном. Однако, на миссии по похищению поставщика оружия на черный рынок, план идет наперекосяк, и Майкл берет командование на себя, успешно завершая миссию. Теперь Майкл должен решить, что ему дороже - его статус в Отделе или Никита.

Когда Шефа вызывают в Центр, он передает Майклу временное командование Первым Отделом. Как Шеф, так и Мэдлин, предупреждают Майкла, что Джордж будет оказывать на него давление, чтобы ликвидировать Бергоми, влиятельного отмывателя денег террористов, которого Отдел пока не готов поймать. Однако после того как Джордж излагает Майклу свои аргументы, Майкл решает рискнуть и попробовать выследить Бергоми. Но в результате давление, которое Майкл оказывает на весь Отдел, угрожает не только его отношениям с Мэдлин, но и, что более важно, с Никитой.

Шеф приказывает Биркофу проникнуть в культовую террористическую организацию, специализирующуюся на антиправительственном компьютерном взломе, несмотря на предупреждение Мэдлин, которая считает, что шансы на успех - не больше 20%. Для начала Биркоф доказывает свою состоятельность Жан-Марку, лидеру культа, и становится ее членом. Однако когда Биркоф узнает, что организация работает на Red Cell, Шеф приказывает ему остаться в ней на неопределенное время для сбора информации. Когда обнаруживается, что Биркоф - оперативник Отдела, Жан-Марк заставляет его выкрасть информацию из компьютеров Отдела. Для того чтобы остаться в живых, Биркоф делает это, но теперь, когда Шеф считает, будто он был "обращен", Биркоф должен найти способ вернуться в Отдел.

Самоуверенный помощник Биркофа, Грег Хиллинджер, делает несколько ошибок, приводящих к неудаче миссии, важной для Надзора. Джордж недоволен таким положением и заставляет Шефа передать ему контроль над большинством миссий Первого Отдела.Это, в свою очередь, вызывает гнев Шефа, который обрушивает свою ярость на Мэдлин. Мэдлин в ответ удаляет Хиллинджера в расходную группу, затем тайно встречается с Джорджем для переговоров о плане свержения Шефа, чтобы самой управлять Первым Отделом. Однако когда Шеф устанавливает ловушку, разработанную для устранения Джорджа, баланс сил снова меняется с удивительными последствиями.

На задании по обезвреживании хорошо вооруженного базового лагеря террористической организации, Никита захвачена в заложницы. Или это была только видимость. Майкл и Никита на самом деле спланировали прикрытие для тайного свидания. Их уловка проходит, пока Биркоф случайно не обнаруживает шифрованные сообщения между Майклом и Никитой, посланные с помощью Вальтера, и он вынужден сообщить об этом Мэдлин. Подозревая, что Майкл и Никита могут планировать переворот в Отделе, Шеф и Мэдлин используют вторую группу оперативников, чтобы проследить за Майклом и Никитой на их следующей тайной встрече... и убить их, если это необходимо.

Шеф и Мэдлин используют крайние меры, чтобы наказать Майкла и Никиту за их неповиновение.

С помощью Майкла Никите удалось избежать смерти во время взрыва убежища Лиги Свободы в заключительной серии первого сезона. С тех пор она была в бегах, скрываясь от Первого Отдела. Однажды в кафе, где она работала официанткой, ее берут в плен люди из Лиги Свободы, чтобы использовать ее в качестве приманки. Никите удается бежать и во время операции Отдела спасти жизнь Майклу. Позже они встречаются на заброшенном судне и проводят вместе ночь. Майкл хочет вернуть Никиту в Отдел, и на следующей операции ему это удается. Однако ложь Майкла и Никиты о ее заключении в Лиге Свободы может быть разоблачена.