С помощью Майкла Никите удалось избежать смерти во время взрыва убежища Лиги Свободы в заключительной серии первого сезона. С тех пор она была в бегах, скрываясь от Первого Отдела. Однажды в кафе, где она работала официанткой, ее берут в плен люди из Лиги Свободы, чтобы использовать ее в качестве приманки. Никите удается бежать и во время операции Отдела спасти жизнь Майклу. Позже они встречаются на заброшенном судне и проводят вместе ночь. Майкл хочет вернуть Никиту в Отдел, и на следующей операции ему это удается. Однако ложь Майкла и Никиты о ее заключении в Лиге Свободы может быть разоблачена.

Переподготовка Никиты после ее полугодичного отсутствия поручена оперативнику Особого Отдела Юргену. Когда с Отделом связывается Кудрин, член Лиги Свободы, который может подтвердить рассказ Никиты, Отдел пытается захватить его для допроса. Чтобы избежать разоблачения, Майкл пытается убить Кудрина во время операции, но тот остается в живых, и Мэдлин и Юрген начинают распутывать паутину лжи, сплетенную Майклом и Никитой.

Биркоф обнаруживает, что серия террористических актов, не связанных между собой на первый взгляд, на самом деле совершена одним спецподразделением "Хеликс", состоящим из шести наемников. Юрген помогает Никите вернуть статус действующего оперативника накануне нападения Отдела на "Хеликс". Но Майкл обеспокоен складывающимися отношениями между Юргеном и Никитой. Он убежден, что Юрген манипулирует Никитой. На следующем задании Майкл меняет план, и группа Юргена несет большие потери. Противостояние Майкла и Юргена доходит до драки.

Относительная свобода Юргена в Отделе увлекает Никиту, и она продолжает проводить с ним все больше времени, несмотря на неодобрение Майкла. Майкл предупреждает Никиту, что Юрген - не тот, за кого себя выдает, но Никита игнорирует совет Майкла и сближается с Юргеном. К несчастью, Никита становится невольной пешкой в борьбе между Юргеном и Отделом, которая может иметь чрезвычайные последствия для Юргена... и Никиты.

Один из оперативников Отдела, обезумев, стреляет в Шефа во время брифинга. Пока Шеф находится при смерти в госпитале, Эгран Петросян - секретный агент под прикрытием, спасенный в предыдущем сезоне, замещает его и продвигает Никиту на место Мэдлин. Несмотря на предупреждение от Мэдлин, Никита верит, что Петросян более подходит на должность Шефа Отдела из-за его прямоты. Но, когда Петросян просит, чтобы Никита убила Шефа, будущее Отдела оказывается под угрозой.

Когда Майкл послан на задание убить поставщика оружия, операция проваливается, и Майкл пускается в "одиночный поиск" - ситуацию, в которой он должен прервать связь с Отделом и завершить миссию во что бы то ни стало. К несчастью, Мэдлин похищают, и Шеф верит, что единственный путь защитить ее - остановить Майкла любым путем. Тем не менее, у Никиты другие планы.

Первый Отдел пытается предотвратить взрыв бомбы, заложенной на школьном дворе, и Никита замечает, что Майкл знает о характере бомбы больше, чем должен бы. Когда она спрашивает его об этом, Майкл отмахивается от нее, но Никита уверена, что он что-то скрывает. На следующий день она следует за Майклом и обнаруживает, что он встречается с террористом по имени Рене. Майкл и Рене в 80-е годы входили в одну студенческую террористическую организацию, и вот их жизни снова пересеклись. Но, когда Шеф приказывает Майклу предать бывшего друга, он колеблется.

Red Cell с помощью операции превратила человека в часовую бомбу замедленного действия. Чтобы найти того, в ком заложена бомба, нужно захватить одну из оперативниц Red Cell - Дженну, которая находится в иностранной тюрьме по обвинению в торговле наркотиками. Задача Никиты - подставить себя под арест и проникнуть в эту тюрьму. Однако она должна не только завоевать доверие Дженны, но и предать это доверие, сбежав вместе с Дженной из тюрьмы через подземные туннели, только для того, чтобы Отдел смог похитить ее и допросить.

Из-за нехватки оперативников Никиту назначают лидером группы на три года раньше обычного срока. Теперь она отвечает за все аспекты задания: выбор оперативников, планирование миссии и ее успешное выполнение. Группа Никиты должна захватить продавца ядерного топлива, но собранная информация неполна и миссия более опасна, чем обычно. К тому же, одна из оперативниц ее группы - Визкано - не желает подчиняться. Никита должна найти способ контролировать ее или миссия рискует провалиться.